中央流行疫情指挥中心于109年3月31日下午16时召开“严重特殊传染性肺炎中央流行疫情指挥中心第19次会议”，会议由陈时中指挥官主持。金门县-表示，本县由副县长率观光处、教育处、民政处、行政处、社会处、港务处、警察局、消防局、环保局等局处人员，及卫生福利部疾病管制署台北区管制中心金门办事处主任，于卫生局1楼会议室视讯与会。

金门县-卫生局说明，本县在3月23日中央召开“严重特殊传染性肺炎中央流行疫情指挥中心第17次会议”视讯会议时，本县杨指挥官镇浯当时提出请中央协助离岛地区居民返国后，于台湾本岛执行居家检疫14天，期满后始得返回离岛；同时请协调国防部专机载送乡亲返乡乙案，一直未获中央正面答复。

卫生局表示，本次会议由副县长再次提出本县诉求，建请中央强制规范，居家检疫地址为离岛者(包含产业移工)返国后，应于中央于台设置之集中检疫处所进行居家检疫期满后，方同意搭乘海空运大众运输工具返回离岛。

卫生局指出，在本次会议中，中央流行疫情指挥中心确认上述请求，未来返国居家检疫地址为离岛者，取消可搭乘国内海空运航班，将留在台湾进行居家检疫14天始可返回离岛，在台居家检疫方式可分为三大类，优先级以第一居住在自己或亲朋好友家中；第二居住在防疫旅馆(本县在北部已有特约防疫旅馆；中南部部分将由中央流行疫情指挥中心协调其他县市防疫旅馆予于入住)；第三申请入住中央设置之集中检疫场所，在入住集中检疫场所部分中央将制定相关流程，供民众提出申请。

金门县-表示，离岛医疗能量较本岛明显不足，而本县仅有部立金门医院一家地区医院，医事人力亦相形薄弱；倘因前述防疫破口，致离岛发生确诊案例，甚至演变成群聚、社区感染，后果将不堪设想；为超前部署、防患于未然，且基于保护全体县民健康，爰建请中央同意，以完善离岛地区防疫部署。