治疗与预后要端看就诊时机，若及时发现，在短时间内能马上处理，基本上可以将病情控制。当医师认为宝宝有罹患脑膜炎的疑虑时，需要进行腰椎穿刺抽取脑脊髓液做为判定，这是必要的检查。
治疗成果与细菌种类有关，不同的细菌所造成的预后差异大，例如沙门氏菌或脑膜炎双球菌预后不佳，其他如链球菌、大肠杆菌、结核菌、梅毒菌预后也都不太好，由于病菌进入脑细胞就会开始破坏脑组织，可能造成某些功能无法发展而形成缺陷，最后造成如脑性麻痹、智力缺损等后遗症。新生儿脑膜炎的治疗要考察黄金治疗时机，再来是看细菌毒性强不强，以及是否治疗完全，如果疗程顺利完成，就能将后续可能引发的后遗症降到最低。
新生儿脑膜炎的症状：
在新生儿时期，大脑生病时的临床表现可分为两种，一种是抑制生理功能，使脑部信息无法顺利传达，宝宝的活动力就会明显不佳，可能会一直昏睡，也没有食欲。另一种则是因为发炎造成刺激反应，让脑神经过度活化，让宝宝哭闹及烦躁不安。所以请家长注意，当他们已有发烧，同时出现活动力变差、异常尖锐啼哭、睡不安稳、食欲不振、躁动，或是昏睡不醒、等症状，就可能罹患脑膜炎。
在诊疗时都会先询问家长：是否有体温不稳定的情况？饮食状况如何？生活作息是否正常？若宝宝出现食欲很差，或合并有喷射呕吐现象，那就要怀疑是否为脑膜炎。由于发烧的孩子有可能因为食欲不佳及呕吐，而常被误以为是肠胃炎，家长须提高警觉。会呕吐是因为脑膜发炎后，脑压会逐渐升高而呕吐，而脑压上升时，可能会伴随着囟门突出，因此，若宝宝出现上述症状就有很大的机率为脑膜炎。
