用于外感暑湿引起的发热、胸闷、腹胀、吐泻，常配佩兰、苏叶、厚朴等。鲜藿香解暑力较强。
和胃止呕：用于湿浊过盛引起的恶心呕吐。配半夏、生姜治胃寒呕吐。
芳香化浊：用于脾湿胃浊引起的食欲不振、舌苔厚腻、腹泻等症，常配砂仁、木香。
头癣、手足癣、灰指甲：皮肤癣、灰指甲是皮肤癣菌感染引起，而藿香、紫苏、白芷、桔梗分别对多种致病真菌有较强的抑制作用，用藿香正气水涂擦患处，每日1-2次，有条件每日多擦几次，会有很好的效果。
疖：疖分为暑疖和多发性疖病，中医认为是内郁湿热、血热或外受风热暑邪而成，现代医学认为是葡萄球菌感染所致。用棉签蘸藿香正气水一日多次涂擦患部，能散郁除湿治疗疖及疖病。
足癣：将患足用温水洗净擦干，将藿香正气水涂于足趾间及其他患处，早晚各涂一次，治疗期间最好穿透气性好的棉袜、布鞋，保持足部干燥，5天为一疗程，一般1～2个疗程即可见效。
外阴瘙痒：因藿香正气水是由抗多种致病菌和杀滴虫的藿香、紫苏、白芷、生姜等药组成，故治疗外阴痞痒有较好的疗效。用法：以藿香正气水用凉开水稀释50倍后清洗外阴，男女皆可用。不但有止痒疗效，而且有清爽感。
孕妇能外用藿香正气水吗：
孕妇能外用藿香正气水。
一般没有问题，藿香正气水孕妇不禁用，但也不可多用。接触量比较小，皮肤吸收有限，最好在医生的指导下使用。
藿香正气水含有的成分较多，即可内服，也可外用，孕妇虽然属于比较敏感的时期，但对藿香正气水这种保健药物外用没有多大限制，可用藿香正气水来缓解晕车、晕船、晕飞机等，也可在太阳穴涂抹少许来治疗失眠。
