为了防堵武汉肺炎疫情，金门县府表示，关于渔船及小三通货船船员之防疫规范，目前因碍于尊重中央政策及权责，仅能以劝说渔民及货运航商的方式为之；但为期防疫作为更具规范力，2月13日特邀请海洋委员会海巡署金马澎分署副分署长宋子阳、海洋委员会海巡署舰队分署第九海巡队副队长王荣忠、第十二巡防区指挥部主任詹嘉德、卫福部疾病管制署金门办事处主任吴俊辉、移民署金门服务站代表，以及县府业管单位主官管等，共同商议，超前布署，齐力完善地区防疫作为。

杨镇浯县长表示，自中央流行疫情指挥中心2月1日公布小三通入境旅客须实施居家检疫14日措施后，他便指示相关单位积极与陆方协调小三通货船防疫措施，也获得陆方实质的回应与配合，另依据海巡署2月5日拜会研议货船管制方式，搭配目前料罗港区的做法，是相对严谨扎实；但现行关于渔船、动力小船及游艇管制部分，则需要海巡单位及疾管署的协助，方能更加严密防堵疫情。

金门县府表示，小三通货船部分，目前已进行之防疫作为如下：
1、与陆方协商并取得共识配合如下：
(1)我国小三通货船停靠于厦门、泉州等福建港口，严禁船员下船及与陆籍人员近距离接触。
(2)陆籍货船停靠金门港期间禁止船员下船，严格落实船员防疫措施，提交船员健康声明卡等资料交接在船边完成，由配戴防护设备人员拿取，避免人员交叉登船或上岸。
(3)宣导船舶做好防疫安全管控，如有船员身体不适异常等，VHF或电话通报港口单位，并由检疫海关部门处理后续防疫作业。
2、金门县-具体作法：
(1)比照航空公司空服员管理模式，要求小三通货运航商及其从业人员抵金后必须自主健康管理，每日量测体温两次，人员如需外出，则应佩戴口罩。
(2)2月12日召开之CIQS联检会议，已要求各单位加强小三通货船防疫，并落实船舱消毒清洁；另港区警察、岸巡与国境队也已增派人力巡检，严禁陆籍船员下船等具体作为。

金门县府表示，依据讨论决议，新增具体防疫管制作为有：
1、“渔船”、“动力小船”、“游艇”：
(1)绝对严防大陆渔工上岸。
(2)请海巡署协助，自即日起，本国籍渔船、动力小船、游艇如离开禁限制水域一定范围或与大陆渔船接触，其船上渔民返金后，应采取14天居家检疫措施。
(3)请疾管署协助，对于前开违规船只人员开具居家检疫通知书。
2、小三通货船：小三通货船从业人员专案列册报备，充分掌握人员出勤状况及居住场所，并派员不定期抽检及进行健康关怀访视。

金门县府进一步说明，目前货运航商所属非本地籍的船员，全数都住在船上，在金厦泉三地的高规格防疫标准下，已将双方接触的可能性降至最低，后续从业人员自主健康管理的措施，也会加强落实与抽检。

杨镇浯表示，非常感谢海巡署、疾管署、港警及移民署等中央单位之协助，与县府强化防疫防线，大家协力保护乡亲的健康。