一定看不出来的疾病
代谢疾病
如果胎儿有代谢异常疾病，怀孕时照超音波是一定无法发现的，因为代谢问题要等出生后才会慢慢出现，有些可以透过新生儿筛检来检验。
功能性问题
高层次超音波主要是判断“胎儿身体结构”是否正常（部分主要器官与外观可见，但不是身体所有器官结构都看得到），例如：可以看到有眼睛，但不知道视力如何；可以看到有耳朵，但不知道听力如何；或是有看到胃，但不知道消化好不好。
精神、心智等问题
例如：宝宝的智商、未来发展是否迟缓、有无自闭症等，超音波也无法看得出来。
胎记
胎儿有没有胎记，也是照超音波一定无法发现的。此外，超音波也无法取代羊膜穿刺，无法借由照超音波判断有无染色体的异常。
超音波的限制与可能看不到的疾病
超音波为安全的非侵入的筛检工具，结果仅供参考，并非最终诊断与确诊，检查的敏感度有其限制。有异常而可被超音波筛检出的概率大约为60～80%。
胎儿发育的阶段不同
照高层次超音波的建议周数为22～24周（因为这个周数会看得比较清楚，如果等更大周数再做，因子宫内空间变小，不容易判读），因为胎儿会持续成长，无法保证怀孕后期或出生时仍为正常，有许多特殊疾病出现的时间为怀孕后期或出生后，例如：气管食道廔管、先天性横膈膜缺损、隐睾症、尿道下裂、无肛症、唇颚裂、小头症、小下巴症、胎儿水肿、肺部发育不良、巨肠症、脐带绕颈或打结、隐性脊柱裂、怀孕后期胎儿脑室扩大、肾水肿、心包膜受损…等，都经常是无法事先判断出来的问题。因此无法期待在22～24周照高层次超音波时，就发现胎儿所有的疾病。
