肠道的健康与否有很大的程度是取决于生活在肠道中的大量细菌，也就是肠道微生物丛。研究表明，高纤维饮食有助于培养健康的肠道，因为这些细菌会将纤维分解成具有抗炎性的物质 ; 过多的高盐、饱和脂肪和红肉则会导致发炎性疾病的风险增加。英国利兹大学Philip Quirke教授说：“特定的细菌已发现会导致肠癌，源头可能与饮食有关，因为在食用红肉量较高的区域，肠癌的发病率较高 ; 较偏重高纤维饮食的地区，肠癌概率相对较低。”
肠道问题(如便秘)的主要原因之一是身体自然节律的中断。英国诺丁汉大学的Maura Corsetti博士说：“起床后以及每餐饭后大肠的活动量通常会较大，尤其是早餐饭后。”但是在当今忙碌的时代，很多人不愿为此付上时间代价 ; 相反地，许多人在感到肠道蠕动时，会为了赶着出门或正在忙着工作而拖延排便，如此可能会导致肠道无法规律地打开。因此，当有排便感觉时，就应该立刻去排便。
英国曼彻斯特大学Elizabeth Mann博士表示，肠道内充满了神经，当一个人的生活充满压力时，这些神经会在肠道中释放出产生炎症的神经传递物，这就是为什么压力会使许多疾病恶化的原因之一。运动可以有效减轻压力，并且可以透过加快蠕动进而对肠健康产生额外积极的影响。
在治疗细菌或病毒造成的身体感染时，可能需要抗生素的协助，然而抗生素会产生扰乱肠内细菌正常平衡的副作用，并且消灭许多有益健康的微生物。因此，除非必要，否则不要服用抗生素。
由于肠道微生物丛主要在2岁之前形成，因此幼儿期的进食方式将深深影响未来年岁的肠道健康。科学家指出有证据表明，喂养母乳的婴儿会拥有更健康的肠道 ; 若是接着再食用多样化且均衡的固体食物，肠道将常保健康。这非常重要，因为如果一个人在童年初期没有开发出多样化的微生物丛，那么他将更容易患上气喘和湿疹等发炎性疾病。
Five ways to maintain healthy bowels
