焦糖色素所含成分恐有致癌之虞，针对食品中要添加焦糖色素，卫生署除了决定将管理的更加严格外，并将参考国际食品法典委员会规范，订定使用上限；例如酱油中所含第3、4类焦糖色素，则就分别订有20g/kg及60g/kg使用限量。
自从可乐添加焦糖色素恐有致癌的讯息出现后，卫生署食品药物管理局即决定将焦糖色素列为食品添加物着色剂，严加管理；依据食品卫生管理法规定，加工食品如依规定添加着色剂者，均应依法标示于产品外包装上。未来食品如需添加焦糖色素作为着色剂，将不得再标示为添加“天然色素”。
此外，未来业者要在食品中添加焦糖色素着色剂，卫生署并将订定使用上限；食品药物管理局食品组蔡淑贞组长表示，将焦糖色素列为食品添加物着色剂后，即会限制使用，尤其是第三类焦糖色素之4-甲基咪唑(4-MEI)含量规格订为200mg/kg以下，第四类焦糖色素4-MEI含量规格订为250mg/kg以下。
蔡淑贞组长并指出，依据国际食品法典委员会(CodexAlimentariusCommision)规定，酱油得添加第一、三、四类焦糖色素，但对于第三类铵盐焦糖及第四类亚硫酸-铵盐焦糖，分别订有于酱油中之使用限量为20g/kg及60g/kg。由焦糖色素标准草案尚未正式公告，目前仍征询各界意见中，将会搜集国际规范，并考量业界实际使用现况及国人饮食习惯等，审慎评估焦糖色素用于酱油之相关规定。
